南京大学中尺度灾害性天气教育部重点实验室具有雄厚的中尺度气象学研究基础，是我国最早专门从事中尺度灾害性天气研究的机构之一。实验室前身为中尺度灾害性天气国家专业实验室，于1991年由教育部（原国家教育委员会）利用世界银行贷款投资45万美元，南京大学配套投资81万元人民币建成。1996年6月通过教育部（委托南京大学）验收，开始对外开放。2000年被国家教育部遴选为教育部重点实验室。2004年，实验室搬迁至南京大学蒙民伟楼23楼，环境和硬件条件进一步改善，同年顺利通过第一次教育部重点实验室评估。此后，通过国家985工程二期、211工程二期，先后投入了人民币980万元和160万元，对实验室的基础设施和实验设备进行了进一步建设。2009年11月，再次顺利通过教育部的评估。2014年实验室变迁至南京大学仙林校区的大气院楼，建立了灾害性天气移动观测平台。2016年第三次顺利通过教育部的评估。目前，实验室已成为我国专门从事中尺度灾害性天气研究和高层次人才培养的重要基地之一，在国内外大气科学界享有盛誉。